Die Abteilung für Kinder und Jugendheilkunde wurde 1976 gegründet und 2006 neu strukturiert und umgebaut.

Die Abteilung gliedert sich in eine pädiatrische interne Station, eine interdisziplinäre Belegstation, an der kindertraumatologische und kinderchirurgische Patienten kindgerecht betreut werden können und eine pädiatrische infektiologische Abteilung.

Für Frühgeborene und kranke Neugeborene wurde eine eigene Intermediate Care Einheit errichtet. Hier ist die intensivmedizinische Versorgung inklusive invasiver und nicht invasiver Beatmungsformen möglich.

Gemeinsam mit den Geburtshelfern der Abteilung für Gynäkologie und Geburtshilfe betreuen die Neonatologen der Kinderabteilung das perinatale Versorgungszentrum für das Nordburgenland.

Seit dem Jahr 2000 wurden von Eisenstadt ausgehend zwei Kinderärzte zu Kinderpsychiatern ausgebildet, die gemeinsam mit dem seit seit 2008 in Eisenstadt eröffnetem Zentrum für Seelische Gesundheit Kinder und Jugendliche des Nord- und Mittelburgenlandes kinderpsychiatrisch versorgen.